面对处于产业链低端的困惑，以及国家对加工贸易政策调整所带来的压力，深圳加工贸易如何实现转型升级，怎样由制造业向服务业转移等，都成为深圳提升产业国际竞争力亟待破题的要害。在举行的2006年中国（深圳）加工贸易与保税物流发展论坛上，专家学者就深圳加工贸易企业转型升级关注的政策及措施热点展开剖析和讨论。该论坛由深圳市贸促会主办，深圳市华夏联拓管理顾问有限公司承办。就加工贸易未来发展趋势，海关总署加工贸易及保税监管司专家覃更说，加工贸易正在由两头在外的发展模式向采购在内，销售在外转变；国际加工贸易产业正在由制造业向服务业转移，同时国内一些地区加工增值链条也正在逐步由实体加工环节向服务环节延伸；境外加工贸易也不断取得发展；出口加工区加贸基数虽小，但增长很快；政策优势将不断显现，与区外加工贸易落差加大。本地企业积极参与加工贸易生产体系，并形成全球综合运作能力，应是政策扶持的重点。
不断提升与跨国公司开展深层次合作的档次是其中的一个重要方面。这样可使加工贸易环节由简单技术和工序的组装，到附件辅件加工制造，到一般零部件加工制造，到主要零部件加工制造，到关键零部件加工制造，再到高级复杂的知识技术人才密集型组装转型。管理上，加贸将从严密监管向风险管理、贸易投资便利与规范高效科学的新监管方式转型，逐步与国际规则接轨。
加贸应有一个长期战略，把引进来（本地提供投资环境和配套能力），扎下根（允许有一定内销比率），本地化（转化为本地配套能力），走出去（企业主导的进料加工贸易）作为不同阶段的目标，通过开放竞争、加快模仿、主动配套、自主作业，来创造产品和工序升级和技术进步的机制。
《深圳加工贸易优化升级政策措施研究》报告透露，“深圳加工”优化升级将面向八个战略性方向。具体主要集中在产品结构升级、产业链延伸、适度重型化、组织方式优化、空间布局、企业结构优化、传统产业转型、支持服务体系。专家认为，深圳应密切关注全球产业发展动态，以集成电路、新型显示器件为主的电子信息基础产业，积极引进资金和技术，大力发展新型显示器件与集成电路的代工、封装、测试的同时，集中科研力量发展集成电路的设计、材料和加工设备。
